Bermain di New Balance Arena, Napoli sempat memimpin lebih dulu sebelum akhirnya terkena comeback di babak kedua.
Napoli tampil lebih berbahaya meski Atalanta mencoba mendominasi penguasaan bola.
Tim tamu membuka skor lewat sundulan Sam Beukema yang memanfaatkan tendangan bebas Miguel Gutierrez. Bola tak mampu dihalau kiper Marco Carnesecchi.
Baca Juga: Gladbach Tumbang di Kandang Freiburg, Kevin Diks Cs Terpuruk di Papan Bawah
Napoli hampir menggandakan keunggulan pada menit ke-42 setelah wasit menunjuk titik putih akibat pelanggaran Isak Hien.
Namun VAR mengintervensi dan keputusan penalti dianulir.
Sebelumnya, gol Alisson Santos pada menit ke-22 juga dianulir karena offside.
Skor 1-0 untuk Napoli bertahan hingga jeda.
Dua Sundulan Hancurkan Napoli
Memasuki babak kedua, Atalanta meningkatkan intensitas. Hasilnya terlihat pada menit ke-61 ketika sepak pojok Nicola Zalewski disundul Mario Pasalic ke pojok kanan gawang yang dijaga Vanja Milinkovic-Savic. Skor berubah 1-1.
Baca Juga: Rasisme Merebak di Premier League! 3 Pemain Jadi Korban dalam Sepekan, Klub-Klub Murka
Momentum berbalik ke tuan rumah. Pada menit ke-81, umpan silang Lorenzo Bernasconi disambut sundulan Lazar Samardzic yang memastikan keunggulan 2-1 bagi Atalanta.
Napoli gagal merespons hingga laga berakhir.
Kekalahan ini membuat Napoli tertahan di posisi ketiga klasemen dengan 50 poin dari 26 pertandingan. Jarak mereka dengan AS Roma kini hanya tiga poin, sementara Roma baru memainkan 25 laga.
Di sisi lain, Atalanta mengoleksi 45 poin dan tetap berada di posisi ketujuh, menempel ketat Como dalam perebutan zona Eropa.
Baca Juga: Chelsea Gagal Menang Lagi! Rosenior Akui Bola Mati Jadi Biang Kerok
Susunan Pemain
Atalanta:
Carnesecchi; Scalvini (Djimsiti 69'), Hien, Kolasinac (Ahanor 84'); Bellanova (Bernasconi 57'), De Roon, Pasalic, Zappacosta; Sulemana (Samardzic 46'), Zalewski; Krstovic (Scamacca 57').
Napoli:
Milinkovic-Savic; Beukema, Juan Jesus (Olivera 70'), Buongiorno; Mazzocchi (Spinazzola 63'), Lobotka, Elmas, Gutierrez (Politano 63'); Vergara (Giovane 70'), Alisson Santos (Lukaku 85'); Hojlund. (dtc)